Desde la segunda generación y durante cada generación a partir de la segunda, la ordenación y Pokémon que se incluían en la Pokédex inicial que recibimos no es el que se usa desde la primera generación, sino que es una Pokédex regional que incluye solo los Pokémon que aparecen en esa región o juego de forma habitual, mientras que el listado completo con todos los Pokémon siguiendo el orden de aparición en las diferentes generaciones se denomina modo nacional o Pokédex nacional.
El orden de los Pokémon en la Pokédex regional es distinto al modo nacional, siguiendo un orden más lógico que el nacional, consiguiendo que las nuevas evoluciones o pre-evoluciones que se agregan en generaciones posteriores sigan un orden lógico.
En Pokémon Rojo, Azul y Amarillo no existía el modo nacional porque en la Pokédex original ya estaban todos los Pokémon.
En la segunda generación, la Pokédex regional solo difería del modo nacional en el orden en el que los Pokémon aparecían en ella, pero este modo contiene todos los Pokémon que también podía mostrar el modo nacional. En este juego al modo regional se le da el nombre Pokédex nueva, y al modo nacional Pokédex vieja. También existe el Modo Unown, en el que se pueden consultar todas las formas de los Unown.
A partir de la tercera generación la Pokédex Nacional se da como una actualización de la Pokédex y no está disponible desde el principio, y el modo regional ya no tiene a todos los Pokémon que muestra el modo nacional.